Устанавливает порядок ведения лицензируемой деятельности. Например, организация органа криптографической защиты (ОКЗ), должностные инструкции сотрудников ОКЗ, требования к защите помещения ОКЗ, ведение журналов учета СКЗИ и др. На практике ФСБ России требует выполнять требования инструкции еще на этапе подготовки к получению лицензии. Документ используется при разработке
внутренних документов по СКЗИ.